Figlio minore di Gioacchino I, elettore di Brandeburgo, che aveva diviso il suo territorio tra i due figli, Giovanni ereditò le terre orientali, il Neumark (tra l’Oder e la Warta) mentre suo fratello, Gioacchino II, ricevette i territori più vasti e più antichi (1535). Pur essendo stato educato alla fede cattolica, Giovanni aderì con convinzione al luteranesimo e fece parte della Lega protestante di Smalcalda contro l’imperatore Carlo V. Nel 1545, tuttavia, dopo aver ricevuto da quest’ultimo l'assicurazione che non sarebbe stato costretto a rinunciare al suo credo, si schierò dalla parte imperiale, e le sue truppe contribuirono alla sconfitta della Lega di Smalcalda nel 1547. Dopo l’Interim di Augusta del 1548, che portò all'esilio di numerosi protestanti, Giovanni si oppose nuovamente all'imperatore, ma ancora una volta, tornò poi alla fedeltà imperiale. Principe saggio e accorto amministratore delle propri entrate, lasciò alla sua morte un ingente capitale. Non avendo figli maschi, i suoi territori passarono al figlio del fratello, Giovanni Giorgio.