Figlio del cancelliere sassone Caesar, aveva studiato nelle università di Lipsia, Padova e Bologna. Umanista e corrispondente di Erasmo, nel 1541 fu eletto vescovo di Naumburg, ma si aprì allora un conflitto con il vescovo nominato dal duca di Sassonia Giovanni Federico I, ossia il teologo protestante Nikolaus von Amsdorf (1483-1565), amico di Lutero. Pflug si impegnò per raggiungere un compromesso teologico con i protestanti, partecipando a colloqui e paci di religione, ed esprimendosi a favore di concessioni come il matrimonio dei preti e la comunione sotto le due specie. Contribuì alla stesura dell’Interim di Augusta nel 1548. Dopo di lui, Naumburg divenne luterana.