Il 19 gennaio Commendone è giunto a Praga, in ritardo a causa della neve. Il 20 Commendone e Zaccaria Dolfin hanno incontrato l’arciduca Ferdinando, governatore di Boemia, che ha mostrato grandissima reverenza nei confronti del pontefice e del cardinale Carlo Borromeo. L’arciduca ha informato i due nunzi dell’arresto a Pardubice di un eretico «della setta de’ Piccardi», che negava apertamente la natura divina di Cristo. Il 28 gennaio Commendone e Dolfin sono giunti a Naumburg, dove si sono riuniti i principi protestanti. Qui Commendone ha tentato di parlare con un ampio numero di consiglieri dei principi, «perché son questi quelli che governano tutte le cose».