Commendone riferisce che durante il loro ultimo colloquio l’imperatore ha affermato di non voler trattare questioni religiose alla dieta di Linz. Il sovrano poi affrontato la questione della riforma ecclesiastica in Germania e nei domini asburgici, sostenendo che la riforma non debba riguardare solo parroci e «preti inferiori», ma anche canonici, prepositi, abati e persino vescovi. A tale proposito Commendone gli ha ricordato l’importanza dei seminari, esortandolo a fondarne uno a Vienna e raccomandandogli quello di Tirnavia, a cui la Camera d’Ungheria voleva togliere i proventi di un beneficio monastico. Commendone ha anche chiesto il suo intervento affinché i vescovi nominati nelle diocesi ungheresi richiedano la conferma e la consacrazione a Roma. L’imperatore gli ha manifestato le sue perplessità sulla nomina dell’arcivescovo di Strigonia, soprattutto a seguito delle apostasie dei vescovi di Cinque Chiese e Gran Varadino. Avendo terminato la sua missione, Commendone ritiene che sia meglio allontanarsi da Vienna, al fine di non destare sospetti nei protestanti, e recarsi presso le diocesi di Olmutz, Passavia e Salisburgo, a suo parere più adatte per dare avvio alla riforma sotto la protezione del duca di Baviera. Egli consiglia infine di visitare le diocesi d’Ungheria e conclude assicurando che, in attesa del ritorno dell’imperatore da Linz, si occuperà della riforma delle diocesi d’Austria insieme con Giovanni Dolfin, vescovo di Torcello, e con il canonico padovano Alvise Giustinian.